Почти одновременно с тем, как сякухати появилась в Японии, зародилось представление о сакральности музыки, исполняемой на флейте. Согласно одному из преданий, как-то принц Сётоку (548-622), один из наиболее активных проповедников буддизма, престолонаследник и автор исторических сочинений и первых комментариев к буддийским сутрам, по дороге в храм играл на сякухати и на его игру спустились с небес ками и стали танцевать. Сётоку ввёл амонии и способствовала достижению просветления: "Играя на сякухати, видишь невидимые сферы, во всей вселенной только одна песня". Начиная с XVII в. появляются различные истории о преподобном Иккю и сякухати. Например, одна из них рассказывает о том, как Иккю и некий монах Итиросо удалились из Киото и поселились в уединённой хижине в Удзи. Там они срезали бамбук, сделали из него сякухати и играли. Также известна история о Роане, бывшим близким другом Иккю, который использовал сякухати для целенаправлами преобразующую суть колокольчика Пухуа и повторить его на флейте. Эта мелодия передавалась в дальнейшем как составляющая откровения и передавалась «от сердца к сердцу», т.к. обучиться её исполнению никто так и не смог. Таким образом, мелодия флейты «Кётаку» («Колокольчик пустоты») прошла через сердца нескольких поколений монахов, пока один из них, Чжань Цань, не смог передать мелодию японскому странствующему монаху Какусину Хатто Дзэндзи (1207-1298). Именно Какусин стал первым патриархом секты Фукэ (на самом деле «Фукэ» не что иное, как трансв бамбука»), а затем, в качестве «отзыва» на «пароль» – «Укэтакэ» («принять и подхватить бамбук»).

В XVII-XVIII вв. произошёл рост популярности сякухати среди мирских жителей – флейта стала использоваться при исполнении, к примеру, народных песен. В 1871 г. (период Реставрации Мэйдзи) секта Фукэ была запрещена, а монахи приобрели статус светских музыкантов. Именно в этот период были основаны наиболее известные школы игры на сякухати: Тодзан, Мэйан и Кинко, которые в наше время являются одними из хранителей традиций игры. В прошлом веке сякухати проникла во множество музыкальных стилей, популярных не только в Японии. К примеру, игра на сякухати популярна в Австралии, странах Европы, США, ну и разумеется, получила своё распространение и в нашей стране.